淋球菌侵入細胞的第一步是借助其外膜上的菌毛和蛋白Ⅱ粘附到陰莖或陰道的粘膜上皮細胞上，然后直接侵入上皮細胞或刺激上皮細胞吞噬而進入的。淋球菌進入上皮細胞后就開始增殖，并使上皮細胞溶解，進而進入粘膜下間隙，從而突破粘膜屏障，引起粘膜上皮的皮下感染。如果淋球菌從粘膜感染部位侵入血液，可在各個組織中引起淋球菌感染，稱為播散性淋球菌感染。