艾滋病患者多出現明顯的消瘦和嚴重的營養不良，貧血、白細胞、血小板或全血細胞減少。長期腹瀉引起水電解質紊亂，神經系統的損傷引起智力下降、反應遲鈍、抑郁、憂慮、類妄想狂精神病或癡呆。心血管系統的損傷引起心動過速、心臟增大、充血性心力衰竭。腎功能的損傷可引起間質性腎炎和腎小管壞死，出現蛋白尿、少尿、高度水腫、氮質血癥及腎功能衰竭。肌肉骨骼系統的損傷可引起游走性關節炎、關節疼痛和關節腔積液，酷似風濕性關節炎，抗風濕治療效果不佳，亦可表現有多發性肌炎，肌肉明顯壓痛及活動障礙，肌肉活檢呈壞死性肌炎。內分泌系統的損傷可出現腎上腺功能不全和低腎素血癥、低血壓、持續性低血鈉和高血鉀、甲狀腺功能低下、糖尿病和腎上腺危象等。