被性病性淋巴肉芽腫衣原體感染后，經過7～12天，平均10天，即可出現癥狀。一般分為3個階段。
1、早期階段
男性可在陰莖體、龜頭、冠狀溝、包皮處，女性常在小陰唇、尿道口周圍等處，出現無痛性丘皰疹或小水庖，庖破后呈糜爛面，嚴重者可形成潰瘍，稱初瘡。一般是單個，多個者少見，不痛不癢，也不硬，沒有什么感覺，故常被忽視。1周左右，病損可痊愈。
2、中期階段
經過3～6周，衣原體可侵犯淋巴系統，出現腹股溝淋巴結腫大，有2/3的患者可有雙側淋巴結發炎。腹股溝處先有酸痛、發硬，然后腫大并互相粘連，形成一個硬塊。腫大的淋巴結在腹股溝韌帶的上下方突出皮面，使腹股溝韌帶處形成一凹槽狀溝，這是本病的一個特征。硬塊處的皮膚呈微紅或紫紅色，約經1周可軟化破潰，流出淡黃色漿液或血性分泌物，形成多個瘺管，數周后留下疤痕。病程短者為數周，長者至數月。當淋巴結腫大化膿時，可出現全身癥狀，如畏寒、發熱、頭痛、乏力、厭食、肝脾腫大和關節痛。
3、晚期階段
晚期病程長，常年不愈。本病晚期的主要病變為生殖器部位淋巴管慢性發炎。男性陰莖或陰囊可發生反復潰瘍、結瘢，導致局部變形。女性由于直腸周圍炎癥，可使直腸狹窄，產生便秘或大便變細。時間長了有癌變的可能。
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